Es el único existente en el mundo dedicado a San Juan de la Cruz.
En 1978 se inauguró el Museo Oratorio San Juan de la Cruz recogiendo diversas reliquias y otros recuerdos que se vinculaban con el Santo, así como se preparaba al visitante un recorrido por su vida y su doctrina.
El Museo San Juan de la Cruz se conforma por diversas salas, donde destaca la antigua Sacristía Conventual, donde se encuentran diversas reliquias del Santo, como dos dedos de su mano derecha y que son uno de los principales reclamos del Oratorio. En otras salas se muestran otros espacios y objetos que se relacionaban con el Santo (iconografía, celda donde murió, escritos, etc.).
También se enriqueció con una biblioteca especializada en temas sanjuanistas y de espiritualidad.